GitHub - ablab/spades: SPAdes Genome Assembler
SPAdes is a versatile toolkit designed for assembly and analysis of sequencing data. SPAdes is primarily developed for Illumina sequencing data, but can be used for IonTorrent as well. Most of SPAdes pipelines support hybrid mode, i.e. allow using long reads (PacBio and Oxford Nanopore) as a supplementary data.
SPAdes安装及使用教程——基因组数据组装神器 - 知乎
SPAdes（St. Petersburg genome assembler）是一个用于基因组组装的开源软件，主要应用于小型基因组如细菌，真菌等基因组测序数据的拼接。 此软件应用广泛，具有多个附加管道可用于对不同类型的数据进行拼接。
Quick start - SPAdes Assembly Toolkit - GitHub Pages
SPAdes allows to assemble genomes, metagenomes, transcriptomes, viral genomes etc. Current SPAdes version: 4.0.0. Download SPAdes binaries for Linux or MacOS .
测序组装软件--SPAdes安装和使用 - 知乎 - 知乎专栏
SPAdes（St. Petersburg genome assembler）是用于基因组组装的开源软件工具, 支持从高通量测序数据中组装细菌、古菌和病毒的基因组, 动植物组装不建议使用. 主要用于illumina，IonTorrent reads的组装.
SPAdes 基因组组装工具使用教程 - CSDN博客
spades这款de novo基因组组装软件， 适用于细菌/真菌等小型基因组的组装，不推荐用于动植物基因组的组装。该软件主要用于illumina，IonTorrent reads的组装，也可以进行PacBio, Oxford nanopore, Sanger reads的组装。官网如下http://cab.spbu.ru/software/spades/spades是一套...
SPAdes: A New Genome Assembly Algorithm and Its Applications …
SPAdes generates single-cell assemblies, providing information about genomes of uncultivatable bacteria that vastly exceeds what may be obtained via traditional metagenomics studies. SPAdes is available online (http://bioinf.spbau.ru/spades). It is distributed as open source software.
spades：基因组denovo组装软件 - 知乎 - 知乎专栏
2024年1月15日 · spades软件主要用于细菌真菌等 小基因组 的组装，支持二代单拼，二—+三混拼。 spades有很多参数支持不同数据的组装，例如meta可以用于宏基因组组装；plasmid可以用于质粒、叶绿体、线粒体等小基因组组装；rna用于RNA-seq数据的组装等。 网址： Center for Algorithmic Biotechnologyspades软件主要用于细菌真菌等小基因组的组装，支持二代单拼，二—+三混拼。 spades有很多参数支持不同数据的组装，例如meta可以用于宏基因组组 …
用SPAdes对Illumina二代测序数据进行基因组预组装 | 生信技工
2024年11月5日 · SPAdes (St. Petersburg genome assembler) 是2012年首次开发的一个多功能工具包，用于组装和分析测序数据，并包括校错功能。 SPAdes 主要针对 Illumina 测序数据开发，但也可用于 IonTorrent。 大多数 SPAdes 管道都支持二代三代reads混合组装，即允许使用长读数（PacBio 和 Oxford Nanopore）作为补充数据。 此外，SPAdes软件包还包括辅助工具，用于高效的k-mer计数和基于k-mer的读数过滤、组装图构建和简化、序列到图的比对以及元基因组分选 …
基因组组装----SPAdes(一) - 简书
2020年4月14日 · SPAdes一般用于小基因组组装，不适合大型基因组组装(例:哺乳动物)。 官方文档可知第一步和第二步耗内存(cpu)，第三步耗磁盘空间(实际是缓存，属于高I/O操作)。
SPAdes (software) - Wikipedia
SPAdes (St. Petersburg genome assembler) [1] is a genome assembly algorithm which was designed for single cell and multi-cells bacterial data sets. Therefore, it might not be suitable for large genomes projects. [1] [2] SPAdes works with Ion Torrent, PacBio, Oxford Nanopore, and Illumina paired-end, mate-pairs and single reads. [1]